En 1955, se fundó en la Universidad Iberoamericana la Escuela de Arquitectura, junto con las licenciaturas de Artes Plásticas y la de Historia del Arte.
En 1973, la Escuela de Arquitectura se transformó en Departamento de Diseño Arquitectónico y Urbano, y en 1975, nuevamente cambió de nombre a Departamento de Arquitectura y Urbanismo. De 1998 al 2002, se fusionan los Departamentos de Arquitectura y Urbanismo con el de Diseño, formándose el Departamento de Arquitectura, Urbanismo y Diseño. Desde el 11 de julio del 2002, de acuerdo con el Estatuto Orgánico, se llama únicamente, Departamento de Arquitectura, separándolo de Diseño. Actualmente, el Departamento cuenta con 26 profesores de tiempo y 2 técnicos académicos, 5 secretarias, 1 administrativo, 5 AFCAS y 6 técnicos que dan servicio en las áreas de cómputo, prototipado y laboratorios .
La Licenciatura en Arquitectura, cuenta con una planta docente de 190 profesores de asignatura que atiende a una creciente población estudiantil, de más de 1,000 alumnos. Existe una Sociedad de Alumnos y una Sociedad de Exalumnos. La Licenciatura cuenta con la acreditación de la Acreditadora Nacional de Programas de Arquitectura y Disciplinas del Espacio Habitable A.C., (ANPADEH) y el RVOE (Reconocimiento de Validez Oficial de Estudios) de la Secretaría de Educación Pública.
En otoño de 1997, se abrió la Maestría en Proyectos para el Desarrollo Urbano, cuyo principal objetivo es preparar profesionales de diferentes disciplinas para formular e instrumentar proyectos que resuelven de manera sustentable los problemas prioritarios del desarrollo de ciudades. Actualmente cuenta con 16 profesores, entre urbanistas, diseñadores urbanos, sociólogos, economistas, ecólogos y abogados, que atienden a una población de 30 alumnos. La Maestría cuenta con la acreditación Nivel 1 del CIEES (Comités Institucionales para la Evaluación de la Educación Superior) y también con el RVOE.
Gracias a la iniciativa del Departamento de Arquitectura, la Universidad Iberoamericana es miembro del US Green Building Council, desde 2007 y del Associaton for the Advancement of Sustainability in Higher Education, desde 2008. Desde 2006 es Partner University de la LafargeHolcim Foundation for Sustainable Construction de Suiza, desde 2009 es Affiliate University del Biomimicry Institute de Montana, y desde el 2012 es miembro del Internacional Living Future Institute.